Do širšího povědomí se Kunětická hora dostává až o něco později, za husitských válek. První písemná zmínka o ní pochází z června 1420, kdy se na Kunětické hoře shromáždil nespokojený lid z okolí, jemuž zde kázal kněz Ambrož: "(...) svolali věrné na hůru Kunětickou nad Pardubicí, vysokou a pevnou, kdež lidu obecného a uhléřův množství sebráno, aby mohli překážeti zlému a pravdu pod obojí způsobou osvoboditi."  Společně pak vytáhli na Hradec Králové a toto tažení bylo, jak víme, úspěšné. Od roku 1421 patřila Kunětická hora k důležitým opěrným bodům stoupenců podobojí. Po dobytí opatovického kláštera na jaře 1421 ji tehdy obsadil husitský hejtman Diviš Bořek z Miletínka, schopný stratég, který se později přiklonil k umírněnému křídlu a do dějin vešel jako vůdce panské jednoty v bitvě u Lipan. Do roku 1423 uskutečnil přestavbu dávající Kunětické hoře podobu typického husitského hradu. Ten se vyznačoval především nebývale rozsáhlým a dobře opevněným předhradím, které sloužilo k zimování početných polních vojsk. Po smrti Diviše Bořka roku 1437 se obrovské panství postupně rozpadlo. Kunětickou horu zdědil syn Soběslav Mrzák z Miletínka, věrný straník krále Jiřího z Poděbrad, jemuž hrad nakonec po roce 1464 postoupil. Ze tří synů českého husitského krále připadla po roce 1471 Kunětická hora Jindřichu staršímu z Minsternberka. Dvacetileté hospodaření se ovšem nevyznačovalo velkými finančními úspěchy a postupný rozprodej vesnic ukončil Jindřich začátkem roku 1491 převodem panství na Viléma II. z Pernštejna.

 

Kunětická hora je první bod, kterým se tento významný moravský šlechtický rod zakupuje ve východních Čechách a odtud dál pokračuje ve své expanzi. Pro Kunětickou horu znamená příchod Pernštejnů jednoznačně éru nebývalého rozkvětu. Za Viléma a jeho synů Vojtěcha a Jana dochází v letech 1491 až 1548 k radikální přestavbě celého hradu. Hradní obydlí se postupně proměnilo v několika stavebních úpravách, pozdně gotických a renesančních, v majestátní zámecké sídlo (o Kunětické hoře se  ostatně někdy píše jako o posledním feudálním hradu a zároveň nejstarším zámku). Nádvoří hradního jádra, do jehož organismu se zapojila válcová věž, se otevíralo portálem datovaným rokem 1509, který je dnes důležitým dokladem rané pernštejnské renesance - hradní palác nese první renesanční stopy ve východních Čechách. Pro dobu Viléma z Pernštejna je spíše charakteristický pozdně gotický sloh. Projevil se ve sklípkových klenbách rytířského sálu v přízemí, v nově zřízené kapli svaté Kateřiny a v prostorách jižního křídla paláce a věže. Za Viléma a jeho synů vznikly hlavní společenské sály v prvém a druhém patře jižního a západního křídla a reprezentativní místnosti severního křídla, prosvětlené velkými okny (prostorný královský sál). Palác pak odděloval od dalšího nádvoří hluboký příkop s padacím mostem. Nádvoří zastavěli Pernštejnové podsklepenými hospodářskými budovami, při západní části horního hradu (v níž se nacházela dvořanská světnice) vybudovali hranolovou věž a poblíž třetí brány vyhloubili sedmdesátimetrovou studnu coby klíčový zdroj vody. O významu hradu za Pernštejnů mnohé vypovídá návštěva krále Vladislava Jagellonského, spojená s pasováním Vilémových synů Vojtěcha a Jana na rytíře v červenci roku 1497. 

Kunětická hora zaujímá výjimečné místo v dějinách hradní architektury výstavbou pernštejnského opevnění, které využívalo mohutných zemních valů a předsunutých dělostřeleckých rondelů. Z rondelů se do současnosti zachovaly dva, jihozápadní padl za oběť těžbě kamene v minulých stoletích. Celý systém obrany zajišťovaly dále jednotlivé hradební okruhy s příkopy, na severní přístupové komunikaci navázané na šestici bran. Kunětická hora představuje bez nadsázky jeden z vrcholů vývoje středověkého hradu v českých zemích, a i proto byl celý areál na počátku milénia prohlášen národní kulturní památkou.

 

Význam slavného šlechtického rodu však začal v dalších generacích postupně upadat. Na jaře 1560 prodal Jaroslav z Pernštejna zadlužené panství královské komoře. Po odchodu Pernštejnů se - i vlivem širších společenských proměn - postupně zmenšuje také význam samotného hradu. Na sklonku třicetileté války, na podzim 1645, oblehlo Kunětickou horu švédské vojsko pod vedením generála Linharta Torstensona. Narychlo vyslaná vojenská jednotka z Pardubic nedokázala této přesile vzdorovat a hrad byl Švédy dobyt. Vypleněný a vypálený objekt ("Kunětická hora hoří!" stojí psáno 17. 11. 1645 v Radničním kalendáři pardubickém, vykřičník přesahuje tři řádky) podléhal rychle zkáze, kterou ještě uspíšila dlouhodobá těžba zdejšího kamene trvající až do počátku 20. století. Znamenala bohužel likvidaci západní a jihozápadní části hradu, která se na sklonku 19. století vinou narušené statiky zřítila do kamenolomu.

Přes různé, někdy velmi originální snahy se ani v průběhu obrozeneckého 19. století nepodařilo zajistit záchranu velkolepých zřícenin (za Kuňku intervenovali třeba Mikoláš Aleš nebo Alois Jirásek). Kunětickou horu vnímali její tehdejší majitelé především jako zdroj slušného zisku, který vyplýval z provozu zdejšího kamenolomu. Intenzivní lámání kamene dál narušovalo hradní stavby a postupně spělo k odtěžení celé Kunětické hory. Teprve roku 1917 si Kunětickou horu od vídeňského průmyslníka barona Drascheho pronajal a roku 1919 (situaci usnadnil vznik Československa) zakoupil pardubický Muzejní spolek. V roce 1920 se ustavilo Kunětické družstvo, které se záhy pustilo do nezbytných zabezpečovacích prací. Roku 1923 započala ambiciózní a v tehdejším Československu rozsahem nebývalá obnova torzální památky podle projektu architekta Dušana Jurkoviče a architekta Jana Pacla. Na základě této jejich koncepce vznikla i vyhlášená restaurace s hodnotnými Jurkovičovými interiéry v západním traktu, v němž je po rozsáhlé rekonstrukci od roku 2021 umístěna expozice o životě a díle tohoto architekta a stavebním vývoji hradu. Restaurace sloužila mj. také jako významný zdroj financí pro další opravy a přestavby hradu: Kunětické družstvo za první republiky zastřešilo hradní palác, obnovilo v něm některé prostory v prvém a druhém patře a umístilo v nich regionální muzejní expozici.
 

V dobách první republiky patřila Kunětická hora k nejnavštěvovanějším tuzemským památkám. V roce 1953 přešel hradní areál do majetku státu, který se tehdy bohužel neukázal jako příliš dobrý správce. Kvůli fatálně zanedbané údržbě a následně rychle se zhoršujícímu stavu objektu musely být již od poloviny 70. let postupně uzavírány jeho jednotlivé části, až byl nakonec od roku 1981 znepřístupněn hrad celý.

Po provedení nezbytných oprav paláce a rozsáhlém archeologickém průzkumu byl návštěvnický provoz na hradě obnoven na jaře roku 1993. Opravy v hradním areálu probíhají průběžně do dnešních dnů (v letech 2021 až 2023 např. památková obnova hradního paláce - více informací o ní zde).